第1部・第1章「絶望との出会い」

記憶を失い彷徨っていた少年は、少女の声に導かれ、"図書館"へ辿り着く。
そこで少年は、過去に自らがある罪を犯したことを知る。
世界の真実を知り、自ら役割を降りた罪を。
同時に、物語を繰り返す世界──メルヘンの存在を知った少年は、新たな人生を歩むため、そして
新たな"役目"を果たすため、旅立つのであった。
『空白の書』を手にした少年と仲間の物語が、今、始まる──

第1部・第2章「王妃の資格」

ボイドを退け、「ヘンゼルとグレーテル」の物語を救うも、シータを失ってしまった一行。
シータを殺めた者について、ジブリールの口から語られたのは、かつて“図書館”に所属し、仲間だったキルケゴールの存在だった。
そんな中、新たな『空白の書』の持ち主、スカーレットがあらわれる。
一行はスカーレットと共に、次なるメルヘンへと足を運ぶのであった。

第1部・第3章「優しい嘘つき」

メルヘンに新たなボイドが出現したと報告を受けた一行。
異変が生じた物語の名前は「赤ずきん」。
メルヘンへ向かった一行は、スカーレットに導かれるまま、赤ずきんのいる村へ向かうことに。
「なんでスカーレット、村の場所がわかったんだろ？」

第1部・第4章「誰が為の願い」

『空白の書』の意味を知り、己の罪にそれぞれの想いを抱く一行。
そんな中、新たなボイドがメルヘンに出現する。
ボイドが出現した物語の名前は「アラジンと魔法のランプ」。
一行はボイドを追って、厳しい砂の大地に足を踏み入れる。
そこで奇妙な盗賊団と、少年アラジンに出会う。

第1部・第5章「鬼の掟」

スカーレットの提案でメルヘンを見回ることになった一行は、赤ずきんの村を訪れる。
そこで一行が出会ったのは、頭に角を生やした不思議な少女、鬼姫だった。
彼女と桃太郎のあいだにある因縁を知ることになる一行。
そして、鬼姫のもとに“あの男”が近づこうとしていた…。

第1部・第6章「だから僕は罪を犯した」

ある日、ヘンゼルたちのもとを訪れた一行は不思議な少女に出会う。
彼女との出会いにより、呼び覚まされる“とある姫”の記憶。
時をおなじくして、あるメルヘンにボイドが発現する。
そのメルヘンには“とある姫”、白雪姫の姿があった……

第1部・第7章「失われた少女の夢」

白雪姫たちのいるメルヘンに、新たなボイドの反応が感知される。
どうやら白雪姫の城では行方不明者が続発しており、王妃も行方不明になってしまっていたのだ。
鍵を握るのは、「時計を持ったウサギ」。
謎を追う一行はやがて「不思議の国」に迷い込む。

第1部・第8章「久遠の孤独」

メルヘンで繰り返される希望と絶望のループを知り、動揺する“図書館”の面々。
そんな中、一行の前にふたたびパンドラが現れ、ゲルダのもとを訪ねるように示唆する。
一方その頃、ゲルダは幼馴染のカイを探すべく、雪の女王の城を目指し、山小屋を出発していた……

第1部・第9章「遥かなる故郷」

銀の靴の様子がおかしいことから、オズの国に何かあったのではと心配するドロシー。
だが「オズの国に行きたい」というドロシーの頼みをジブリールは断ってしまう。
思いつめた表情で“図書館”を出ていったドロシーを主人公一行は案じるが……
一方、その頃ドロシーはとある人物との出会いを果たしていた。

第1部・第10章「シータの思い出、ウィズの記憶」

未だ自分の過去を思い出すことができないウィズ。
スカーレットはそんなウィズを気にかけるが、ウィズ自身は特に気にしている様子はない。
業を煮やしたスカーレットは、ウィズをあるメルヘンに連れていくことに……
「たしかウィズって、気になってる人ならいたわよね？」

第1部・第11章「幻影の帰還」

グレーテルたちとの会話から、近ごろキヒラキの村にある女性がやってきたことを知った一行。
ジブリールの話によれば、女性の名は“クリスティーヌ・ダーエ”だという。
キルケゴールと手を組み、雪の女王に扮して一行の前に現れたファントムの関係者だと知った一行は彼女に会いに行くことに……

第1部・第12章「眠りの乙女」

ある日、主人公たちのもとに一通の手紙が届けられる。
それは闘技場で行われる特別な大会への招待状だった。
優勝賞品は「眠りの乙女」。詳細不明の謎の賞品、そして自分たちが招待された理由がわからず参加を迷う一行だったが、スカーレットにある譲れない事情ができて……？

第1部・第13章「彷徨える魂たち」

ある日、ゲストルームに来ていたヨリンゲルから、「近ごろ村におそろしい黒い怪物が現れる」と相談を受けた主人公一行。
さっそく迷える子供たちのメルヘンに向かった一行は、ヴィランに囲まれ危機に陥ったヨリンデを救出する。
憔悴しきったヨリンデが口にしたのは、彼女の過去に関するある者の名だった……

第1部・第14章「最後の希望」

主人公一行と各メルヘンのヒーローたちは、シンデレラから冬至の祝祭の招待を受ける。
メルヘンの垣根を越えた交流や思いがけない出会いに心を躍らせ、楽しむ一行。
ところが、宴の最中、誰かに呼ばれた主人公はウィズたちと別行動を取り声のほうへ。
そこへ現れたパンドラは主人公を「デート」に誘い……

第2部・第1章「行先無き漂流者」

"滅び"の脅威に立ち向かい、メルヘンの危機を救った主人公一行。
しかし、ここ数日、どうやらヴィランの気配が、以前より濃くなっているらしい。
調査のため、迷える子供たちのメルヘンを訪れると、ある噂を耳にする。
それは「夜になるとお化けが出る」という噂だったが……

第2部・第2章「茫々たる記憶」

“漂流者”について調べを進める一行のもとに、忘れられた流星のメルヘンにヴィランが多数出現している報せが届く。
駆け付けた先には、子供たちを守る猫先生の姿が。
居合わせた猫先生と力を合わせ、窮地を脱した一行は、ある目的のため、ヴェーレの町を訪れる。

第2部・第3章「変転の萌芽」

いつもと様子が違うジブリール。
彼女は悩んでいた。
自分の中に芽生えた意思は、司書として、システム上当たり前のことではないかと。
そんなジブリールに主人公一行はある提案をする。
「今から、僕たちと一緒にメルヘンに行こうよ。」

第2部・第4章「死神の呼び声」

ラ・ベルに呼ばれ、ルームに向かう主人公一行。
そこにはいつもと様子が違うマッチ売りの少女の姿が。
話を聞くと「最近変な夢を見てしまう」のだと彼女は言う。
そして、夢の内容は思い出せず、ただ不思議な声がするのだと……
不思議に思った一行は、マッチ売りの少女のためにメルヘンへ出かけることに。

第2部・第5章「流浪の兎姫」

アルマの行方をたずねてチェシャ猫に会いに行った一行だが、
チェシャ猫の依頼を受けて『不思議の国』に行くことに。
そこで一行が目にしたのは、必死に逃げる時計ウサギと彼女を追う得体の知れない少女だった。

第2部・第6章「脅威と希望」

突然、一行を尋ねて来たゲルダ。
話を聞くと、カイがいる雪原の奥へ行けなくなってしまったとのこと。
これに対し、ジーちゃんは問題を検知していなかったが、不安を抱く一行はメルヘンへ出向くことに……